Lord of the Rings as an allegory for the Ph.D.?

The story starts with Frodo: a young hobbit, quite bright, a bit dissatisfied with what he’s learnt so far and with his mates back home who just want to get jobs and settle down and drink beer. He is also very much in awe of his tutor and mentor, the very Senior professor Gandalf, so when Gandalf suggests he take a short project from him (carrying the Ring to Rivendell) he agrees. Frodo very quickly encounters the shadowy forces of fear and despair which will haunt the rest of his journey and leave permanent scars on his psyche, but he also makes some useful friends. In particular he spends an evening down at the pub with Aragorn, who has been wandering the world for many years as Gandalf’s postdoc and becomes his advisor when Gandalf isn’t around. After Frodo has completed his first project Gandalf (along with head of department, Elrond) proposes that the work should be extended. He assembles the large research group, including visiting students Legolas and Gimli, the foreign post-doc Boromir and several of Frodo’s own friends from his undergraduate days. Frodo agrees to tackle this larger project, though he has mixed feelings about it („I will take the Ring, he said although I don’t know why”).
Very rapidly, things go wrong. First Gandalf disappears and has no more interaction with Frodo until everything is over (Frodo assumes his supervisor is dead, in fact he has simply found a more interesting topic and is working on that instead). At his first international conference in Lorien, Frodo is cross – examined terrifyingly by Galadriel, and betrayed by Boromir, who is anxious to get the credit for the work himself. Frodo cuts himself off from the rest of his team: from now on he will only discuss his work with Sam, an old friend who doesn’t really understand what it’s all about, but in any case is prepared to give Frodo credit for being rather cleverer than he is. Than he sets out towards Mordor.
The last and darkest period of Frodo’s journey clearly represents the writing-up stage, as he struggles towards Mount Doom (submission) finding his burden growing heavier and heavier yet more and more a part of himself, more and more terrified of failure; plagued by the figure of Gollum, the student who carried the Ring before him, but never wrote-up and still hangs around as a burnt-out jealous shadow; talking less and less even to Sam. When he submits the Ring to the fire, is in desperate confusion rather than with confidence, and for a while the world seems empty.
Eventually it is over: the Ring is gone, everyone congratulates him, and for a few days he can convince himself that his troubles are over. But there is one more obstacle to overcome months later, back in the Shire, he must confront the external examiner Saruman, an old enemy of Gandalf, who seeks to humiliate and destroy he’s rival’s protege. With the help of his friends and colleagues Frodo passes through this ordeal, but discovers at the end that victory has no value left for him. While his friends return to settling down and finding jobs and starting families, Frodo remains in limbo; finally along with Gandalf, Elrond and many others he joins the brain drain across the Western Ocean to the new land beyond.
David Pritchard

Read Full Post »

Ekologia i epidemiologia z satelity

W celu chwilowego odetchnięcia od bzdur i idiotów te bzdury rozprowadzających, postanowiłem się skupić na tym co tak naprawdę mnie interesuje. Zwłaszcza w kontekście bredni o dżumie rozprzestrzenianej na Ukrainie.

Pracuję w środowisku interdyscyplinarnym, skupiającym zoologów, botaników, matematyków, geografów, weterynarzy, meteorologów i ekologów. Ponadto na konferencjach, w których dotychczas brałem udział spotykałem także ludzi z WHO, ekspertów od kontroli chorób, nawet przedstawicieli rządów krajów, w których niektóre choroby zakaźne stanowią problem. Pomimo dobrego samopoczucia większości Europejczyków i coraz częstszej histerii wywołanej szczepionkami (a nie samymi chorobami) tendencje światowe występowania groźnych chorób zakaźnych nie są tak optymistyczne, jak nam w Europie mogłoby się wydawać. Wiele chorób nadal zabija ludzi w najlepsze – w 2008 roku malarią zarażonych było 247 milionów osób, z czego blisko 881 tysięcy zmarło. Inne (spośród dziesiątek) choroby to chociażby leiszmanioza (12 milionów zarażonych na świecie), gruźlica (1,6 miliona zmarłych w 2005) a nawet – mimo niewielkiego obecnie występowania na świecie w porównaniu z Czarną Śmiercią – dżuma, która występuje w wielu rejonach świata – w zachodniej części Stanów Zjednoczonych, Chinach, Indiach, Kazachstanie i na Madagaskarze.

Madagaskar i Kazachstan są szczególnie interesujące z mojego punktu widzenia, gdyż są to tereny badawcze, na których pracują inni członkowie mojego projektu. Sandra Telfer zajmuje się występowaniem dżumy na Madagaskarze, podczas gdy całkiem spora grupa badaczy z Wielkiej Brytanii, Belgii i Kazachstanu interesuje się tą chorobą na terenie Azji Środkowej.

Jednym z ciekawszych elementów studiowania epidemiologii jest często możliwość odejścia od szalek i preparatów mikroskopowych i skupienie się na tzw. szerszym spojrzeniu. Przykładem takiego spojrzenia są prace Stephena Davisa i Herwiga Leirsa dotyczące dżumy w Kazachstanie. Zajmują się oni modelem matematycznym (opublikowanym w Science) pozwalającym przewidywać epidemie dżumy na terenie kazachskiego stepu. Głównym gospodarzem bakterii Yersinia pestis na terenie Kazachstanu jest myszoskoczek wielki (niestety muszę się posiłkować angielska Wikipedią, bo polski tekst o tym gryzoniu jest po prostu tragiczny). Na tym właśnie gatunku teraz się skupię. Myszoskoczki żyją w koloniach. Kolonie te najczęściej składają się z członków jednej rodziny. Kolonia taka zajmuje obszar o kształcie mniej więcej koła. Na terenie tego koła myszoskoczki „czyszczą” cala wegetacje. Tworzą się w ten sposób plamy gołej ziemi, otoczone normalna wegetacją. Na podstawie obserwacji (w gigantycznym uproszczeniu!) jaki odsetek koloni jest zasiedlony (liczebność gryzoni zmienia się z roku na rok – wiele systemów mieszkalnych w okresach niskiej liczebności pozostaje pusta) można obliczyć prawdopodobieństwo wystąpienia dżumy. Problemem jest to, ze monitorowany obszar jest nie przymierzając – porównywalny rozmiarami z terytorium Belgii. Dlatego tez szuka się metod, które znacznie obniżyłyby koszty takiego monitorowania. I tu z pomocą przychodzi Google. Oto widok z wysokości 2km:

Białe plamki widoczne na zdjęciu to właśnie kolonie myszoskoczków.

Jedynym problemem może być częstotliwość aktualizacji, bądź (podobno najczęstszy problem ludzi, którzy chcą na serio pracować z Google Earth) brak zdjęć o odpowiedniej rozdzielczości.

Jednak widać tutaj potencjał do wykorzystania przy prognozowaniu ryzyka. Przy nakładzie kosztów (odejmując satelity, które i tak już są na orbicie) znacznie niższym niż analizy laboratoryjne (przy przetestowaniu skuteczności modelu w przewidywaniu wystąpienia epidemii) taka metoda może być bardzo skuteczna do monitorowania rozległych terenów Azji Środkowej. Należy jednak zaznaczyć, że metoda ta opiera się o wieloletnie obserwacje głównego gatunku nosicielskiego w środowisku naturalnym i transfer tej metody na inne tereny (na których główny gatunek – gospodarz jest inny i ma inną biologię/ekologię) może być zupełnie nieefektywny.

Read Full Post »

Jak napisać abstrakt

Na początek dysklajmer (dzieki Zsyp-owi za to słowo!): ten tekst powstał na podstawie wskazówek do pisania abstraktów w naukach przyrodniczych opublikowanych zarówno w internecie jak i w poradnikach naukowego pisania. Ponadto dodaję własne doświadczenie.

Co to jest abstrakt? Według metodyków nauki abstrakt jest obecnie najważniejszym elementem pracy naukowej lub artykułu. Abstrakt nie tylko podsumowuje najistotniejsze aspekty pracy ale także powinien skłaniać czytelnika do przeczytania całego artykułu. Jako pierwszy element pracy, z którym czytelnik się styka, abstrakt powinien zawierać skondensowana informacje na temat pracy. Angielskie wyrażenie „make every sentence count” jest jak najbardziej na miejscu. W przypadku abstraktu, gdy często jesteśmy ograniczeni liczba słów (często 250 lub nawet mniej – na spotkanie BES abstrakt musiał się zmieścić w 50 słowach!) należy sprawić by KAŻDE słowo miało swoje znaczenie i cel.

Abstrakt zwykle krótko i węzłowato podsumowuje następujące aspekty pracy:

• cel
• materiały i zasięg działań (pole badan)
• ustalenia
• wnioski
• zalecenia (rekomendacje, plany)

Pierwsze słowa abstraktu powinny mówić DOKŁADNIE co zostało wykonane i w jaki sposób. Największy błąd, jaki można popełnić na wstępie to napisanie, ze „coś będzie omówione”. Abstrakt to nie jest miejsce na rozwlekle dyskusje; to raczej podsumowanie ścisłych szczegółów dotyczących rezultatów. Zamiast elaborowania na ten temat, należy się skupić w pierwszych dwóch zdaniach na podstawach i ideach badania oraz dlaczego badanie jest (było, będzie) ważne.
W następnych kilku liniach należy zwrócić uwagę na materiały i metody oraz na dane wytworzone (uzyskane) w trakcie badania. Powiedz czytelnikowi w jaki sposób dane zostały zebrane, zgromadzone i określ w jaki sposób sa one istotne statystycznie. Należy wspomnieć o każdym nowym narzędziu, które zostało wytworzone (zaprojektowane itd.) w trakcie tego badania (badawcze, statystyczne itp.).

Generalnie należy unikać referencji do literatury, chyba ze cytowane prace są absolutnie niezbędne dla zrozumienia wiedzy lub rezultatów uzyskanych w wyniku badania.

Koniec abstraktu jest tak samo ważny jak jego początek. Jest to miejsce, gdzie należy przekonać czytelnika, aby zagłębił się w treści artykułu. Dodatkowo zdania podsumowujące abstrakt powinny prowadzić do pierwszego akapitu wstępu bez powtarzania tego, co już zostało wspomniane wcześniej. Dobrze jest określić jakie implikacje może mieć praca w dziedzinie, w której prowadzone były badania omówione w artykule.

Większość autorów zaleca pisanie abstraktu po zakończeniu pracy nad artykułem, jednakże warto podczas pisania artykułu robić notatki na temat poszczególnych elementów pracy. pomocna może być także lista slow kluczowych tworzona w trakcie pisania pracy.

Dodatkowe informacje:
Link (ang.)

Read Full Post »

Ab ovo

Naczytałem się dzisiaj o blogach naukowych w polskiej części internetu, zajrzałem do paru angielskojęzycznych i zamarzył mi się własny, skoncentrowany przede wszystkim na tym, co robię, co mnie interesuje i co jest warte wspomnienia w rejonie mojego poletka. Postaram się wspomnieć o rzeczach ważnych, ciekawych – i nie tylko związanych z remote sensing i ekologią.

Miłego czytania

Read Full Post »